黄河水院审计处是代表学校开展内部审计工作的职能部门。1994年5月，黄河水利学校独立设置审计科。1996年3月，审计科并入黄河水利学校办公室，设置审计科审计员。2001年11月，根据沙龙体育（中国）机构调整和工作需要，审计科、纪检、监察合署办公。2013年3月成立审计处，与纪委办公室、监察处合署办公。2017年2月，根据上级有关要求和学校工作实际需要，经校党委研究决定，独立设置审计处，下设审计科和综合科。
在学校党委领导下，审计处认真贯彻审计政策法规，紧紧围绕学校中心工作服务大局，认真履行“监督、评价、建议”职能，在维护财经法规、健全内部控制、加强廉政建设、防范经济风险、提高教育资金使用效益等方面发挥了积极而有效的作用。曾荣获“2010年度开封市内部审计先进单位”、“2012年、2018年、2020年荣获河南省教育审计先进单位”。